След обединение между клубовете „Тича” и „Левски” през 1934 г. в гр. Горна Джумая се ражда Спортен клуб Ботев.

През 1937 г. СК Ботев (Горна Джумая) става областен първенец след победа над Македонска Слава с 2-1.

На 17 юни 1945 г. е преименуван на физкултурно дружество Македония, а три години по-късно се присъединява към новоучреденото ФД Юлий Дерменджиев.

През 1970 г. Ботев Благоевград приема името ДФС Пирин .

Най-успешен сезон за отбора в "А" група е през 1985 - 5 място. "Орлетата" са три пъти финалисти за Националната купа - 1981,1992 и 1994 г.. С други думи, голямото отличие още липсва. През сезон 2004/05 Пирин успява да си извоюва позиция в „А“ група, но с началото на новия сезон бива изхвърлен във "В" група заради задължения към НОИ.

В годините между 2006-2008 година в Благоевград се заформят няколко клуба с наименование Пирин, като новосформираният ПФК Пирин Благоевград, който използва лиценза на разформирования ПФК Пирин 1922 и е мажоритарно ръководен от Николай Галчев, се състезава в Б а после и в А група. Отборът изхвърлен във В група също продължава съществуванието си в продължение на две години, подкрепен от група благоевградски бизнесмени – Г15, като успява да влезе в Б група.

В края на 2008 двата отбора се обединяват, като обединеният отбор участва в „А“ група, а с квотата за Западната „Б“ група до края на сезона участва тимът на Пирин Банско, който домакинства на стадиона в Банско. Обединеният тим на Пирин е наследник на автентичния Пирин, който има над 20 сезона в елита на България. Клубът няма мажоритарен собственик, а е собственост на 17 бизнесмена.

Няколко месеца след обединението клубът постига и първият си успех - класиране на финала за Купата на България. По пътя към финала Пирин елиминира грандовете ЦСКА и Левски.